Это зависит от операционных систем.
Традиционно, операционные системы POSIX-y (Linux, Solaris, ...) не имеют абсолютно никаких проблем с открытием файла для чтения и записи даже отдельными процессами (они даже поддерживают удаление файла, пока он читается из и / или написано).
В Windows более распространенный подход - открывать файлы исключительно (вопреки распространенному мнению, Windows поддерживает неэксклюзивный доступ к файлам, он редко используется приложениями).
Java не может * указать, каким образом вы хотите получить доступ к файлу, поэтому используется платформа по умолчанию (общий доступ в Linux / Solaris, эксклюзивный доступ в Windows).
* Это может быть неправильно для NIO и нового NIO в Java 7, но я не большой эксперт по NIO.