Нет, нет, нет.
Вы не «возвращаетесь» к коду Java, чтобы изменить его. Вы просто отлаживаете, тестируете и модифицируете код Java. Вы игнорируете код в скомпилированных файлах JavaScript, за исключением случаев его развертывания. Насколько вам известно, исходный код GWT - это код Java, а не javascript, написанный в рамках ограничений браузера.
Ваш вопрос похож на вопрос: «У меня есть приложение C, которое компилируется в объектный код. Могу ли я изменить объектный код или вернуться к коду C, чтобы изменить его?» !!!
Вы просто обрабатываете сгенерированный javascript как «нативный код».
Нет сомнений, что вы можете включить javascript с помощью jsni, и поэтому вы можете включить ассемблерный код при использовании C. Так что кроме тех ассемблерных кодов, которые вы вставляете, и аналогичным образом, за исключением кода javascript, который вы включаете, вы оставляете «собственный код» в покое.
Когда вы пытаетесь изменить объектный код, сгенерированный из C, это называется взломом. Хакинг - это интересное хобби, но когда вы хотите создать приложение, а ваша основная задача - не «взлом», хакингом будет только ваша внешкольная деятельность, не связанная с вашей основной работой или проектом.