Не знаю, смогу ли я полностью ответить на ваш вопрос, но могу немного добавить к обсуждению. Git по натуре (кто-то поправляет меня, если я ошибаюсь) поддерживает очень тонкую гранулярную структуру, когда дело доходит до репозиториев. Другими словами, я думаю, что лучшим вариантом будет иметь один git Repo для каждого источника java, один для источника ActionScript и последний для источника C #. Причина в том, что я считаю, что сообщество сосредоточено на том, чтобы иметь один репо для каждого проекта. Я только знаком с затмением, поэтому я настоятельно рекомендую EGit . Для ActionScript я использую FlashBuilder и тот же плагин EGit. Я рекомендую делать то же самое. Что касается C # (я предполагаю, что вы используете Visual Studio) Git Extensions , кажется, популярный вариант.
Примечание. Egit можно легко найти на торговой площадке Eclipse, если она у вас установлена.