Я строю вне папки JNI в Windows. Мой Android.mk содержит make-файл в другой папке:
LOCAL_PATH := $(MY_WORKSPACE)/path/jni
include $(MY_WORKSPACE)/path/jni/Src.mk
где указаны фактические источники:
LOCAL_SRC_FILES := \
a.cpp \
b.cpp \
etc.
Одно предостережение - make
не работает правильно с относительными путями. Вернее, это так, но предполагается, что путь будет относительно текущей папки, что в случае процесса ndk-build
может быть повсюду. Таким образом, переменная env, обозначающая корень расположения файла.
Некоторые подробности здесь .