На мой взгляд, лучше всего добавить его в качестве провайдера безопасности с собственным кодом.
Это потому, что это зависит только от проекта, а не от системы. Добавьте файлы Jar BouncyCastle в ваш проект и добавьте их в путь к классам, и все. Он будет работать на всех системах без необходимости дальнейших шагов ручной установки.
Если вы устанавливаете BouncyCastle в JRE, у вас всегда возникают проблемы, если вам необходимо обновить JRE.