Я не уверен, что вы действительно выиграете от нового приложения (например, новый домен или контекст)?
У меня похожая ситуация, когда я использую JSF для Web Front и Servlet для запросов веб-служб, и это работает абсолютно нормально.
Если вы используете EJB3.0, тогда вы можете просто создавать веб-сервисы с помощью @WebService
аннотации для State Beans.