Одной из причин может быть то, что предыдущий экземпляр tinymce не был корректно закрыт.
Используйте это перед удалением частей Dom
tinyMCE.execCommand('mceRemoveControl', false, editor_id);
и при необходимости повторно инициализировать его
tinyMCE.execCommand('mceAddControl', false, editor_id);