Должно быть достаточно просто, чтобы просто обратить вашу строку к выражению отрицания, чтобы оно применялось ко всему, что не соответствует путям, которые вы не хотите переписывать:
RewriteRule !^(admin/.*)$ http://www.mydomain.com/$1 [R=301,L]
или более предпочтительно, просто добавьте еще одно условие перезаписи, чтобы исключить каталог администратора:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/admin [NC]
Они оба должны работать, но второй выглядит лучше.