В какой кодировке сервер сборки ожидает использования файлов? Возможно, дело не в предупреждениях и ошибках компилятора, а в настройке кодировки, используемой Eclipse для сохранения файлов.
Обновление
Это меня беспокоит, поэтому я в итоге искал ответ. Казалось бы, поскольку Eclipse использует собственный компилятор, а не набор javac, вы не можете передавать ему аргументы. Есть опция -encoding или javac, которая позволяет вам указать кодировку файлов, которые будут скомпилированы (без нее используется платформа по умолчанию).
Если сервер сборки работает под управлением Linux, вероятно, по умолчанию используется UTF-8. Я ничего не знаю о кодировке по умолчанию для Mac, но это может быть что-то совсем другое. Возможно, стоит создать задачу сборки муравья в вашем проекте, которая задает кодировку символов и использует ее для двойной проверки перед проверкой кода. Это ручной процесс, но он может избавить вас от боли в долгосрочной перспективе.