Была такая же проблема. Для меня, в конце концов, оказалось (вероятно) что-то связанное с тем, что я испортил мои виртуальные хосты apache и сертификат SSL для сервера (я убрал несколько своих виртуальных хостов и заменил свой сертификат snakeoil подлинный - последний, я подозреваю, был настоящей причиной моей проблемы).
Решение: для меня сработало очистить все сохраненные пароли в клиентах (я использовал Eclipse - subclipse или subversive, я забыл, какой - и Tortoise). Я предполагаю, что какое-то хеширование на основе SSL-сертификата использовалось где-то вдоль линии для шифрования сохраненного пароля, что делало их недоступными или недействительными при замене сертификата.