Вы можете сделать это через bash и открыть ssh-туннель, чтобы создать структуру файла, которая вам нужна, и затем выполнить rsync данных. Будут ли эти временные папки меняться при каждой синхронизации? например, это для каждого дня недели?
ssh user@address
mkdir -p tmp/fol1
rsync avz /tmp/fol1/fol2/fol3/foln user@addr:/tmp/fol1/fol2/fol3/foln
fi