Полагаю, вы все еще запускаете на этом же сервере?
Действительно, лучший способ запустить mongo - это разместить его на своем собственном сервере, где такие вещи, как apache, mysql и т. Д. Не будут подпрыгивать и мешать оперативной памяти, которую он хочет использовать. У меня была та же самая проблема - сервер периодически включался в режим подкачки и задыхался при интенсивном использовании.
Вам, вероятно, будет лучше с двумя серверами по 512 МБ, которые, мы надеемся, сопоставимы по цене (один работает под управлением Монго, а другой - под управлением остальных). Я также думал о попытке запустить виртуальную машину с монго на VPS, но для меня это попало в категорию «слишком больших усилий».
И да, как говорит dcrosta, используйте 64-битную версию, если только вы не хотите ограничить размер данных до 2 ГБ (и зачем вам это нужно?)