Создайте пустую папку внутри вашего проекта Flex. Щелкните правой кнопкой мыши по вашему проекту и перейдите в Свойства-> Компилятор (не точное имя, а что-то подобное). Убедитесь, что в нем есть «Копировать не встроенные ресурсы в выходной каталог» (проверьте, если это не так). Нажмите Ok.
Экспорт сборки выпуска вашего приложения AIR. НЕ нажимайте кнопку «Готово» после шага «подписи». Выполняйте каждый шаг, пока не дойдете до экрана «активы». Он покажет вам список всех файлов и папок в вашем выходном каталоге (bin-debug, по умолчанию).
Отметьте нужные файлы, снимите флажки с тех, которые вам не нужны, и нажмите OK. Готово. Ваш файл AIR упакован с любым файлом и папкой, которые вы хотите.