«Собственные запросы» jpa можно использовать только для операторов DML (Язык манипулирования данными). Для выдачи любого DDL, например таблицы создания, вам необходимо получить базовое соединение из EntityManager.
Способ извлечения соединения из EM будет зависеть от того, какую реализацию JPA вы используете, но обязательно включит вызов EntityManager.getDelegate ().
В качестве альтернативы (и я думаю, что это лучший подход), введите DataSource или JDBCTemplate, если вы используете spring для объекта, который пытается создать таблицу, и используйте этот класс для создания таблицы.