У меня похожая проблема, мое приложение должно распаковать около 200 файлов. К сожалению, не удается распаковать только около 100. Кажется, что проблема связана не с размером файла, а с количеством файлов. Странно то, что если я запускаю приложение прямо из xCode (Run), все работает отлично!
ZipArchive не возвращает ошибок.
Я использую iPad 3, ios 6.0, xcode 4.6