Maven Embedder действительно больше не поддерживается (по-прежнему его использует только Hudson).Но, как и в Гудзоне, есть несколько других способов запуска Maven.Вы можете просто запустить maven как внешнюю программу:
Runtime.getRuntime().exec("mvn clean install");
Или вы можете подумать о создании ant-сценария для maven. Этот сценарий затем может быть вызван либо как внешняя программа, либо (есливам нужно больше контроля) добавьте муравей в ваш путь к классам и вызовите Antrunner.
ОБНОВЛЕНИЕ
Теперь снова поддерживается Maven Embedder, так что это ваш лучший вариант.