Редактировать
Может быть, вы забыли stage.removeChild (box)?
Старый
Когда вы добавляете box
в holder
, вам нужно конвертировать его "глобальная позиция (этап) в «локальную» позицию (держатель) с использованием метода globalToLocal .
var global : Point = new Point(box.x, box.y);
var local : Point = container.holder.globalToLocal(global);
container.holder.addChild(box);
box.x = local.x;
box.y = local.y;