Структура папок решения VS не должна отображать один-к-одному к местоположению файла. Вы можете добавить файлы «как ссылку» (маленький треугольник на кнопке «Добавить» при добавлении существующего элемента) в папку в решении VS. Такие файлы не будут скопированы в папку на диске, которую вы добавляете, а скорее будут иметь «ссылку», указывающую на исходное местоположение (используя относительный путь). Я бы порекомендовал открыть файл решения в текстовом редакторе, чтобы увидеть, как ссылки на разные файлы.
т.е. эта функция полезна, когда вы хотите поделиться источниками между различными проектами.
Я не уверен в части "переместить их" ...