Я не уверен, что полностью понимаю ваш вопрос, потому что не нахожу метод application.close ().
Вот документация по NativeApplication, классу AIR only: http://livedocs.adobe.com/flex/3/langref/flash/desktop/NativeApplication.html#exit()
Он определяет метод выхода следующим образом:
Завершает работу этого приложения.
Вызов метода exit ()
вернуть; последовательность выключения не
начать до тех пор, пока не выполняется
код (например, обработчик текущего события)
завершено. В ожидании асинхронного
операции отменены и могут или могут
не завершено.
Обратите внимание, что выходящее событие не
посланный. Если выходное событие
требуется логика приложения, вызов
NativeApplication.nativeApplication.dispatchEvent (),
передача в объект Event типа
выход. Точно так же, закрытие и закрытие
события не отправляются раньше
Окна приложений закрыты. Если
окна должны быть уведомлены до вашего
приложение выходит, вы можете отправить
закрытие событий для каждого открытого окна.
Если требуется событие закрытия окна,
вызвать метод close () окна
перед выходом.
Вот документация по Application, класс Flex: http://livedocs.adobe.com/flex/3/langref/mx/core/Application.html#methodSummary
С ним, похоже, не связан метод close (). Возможно, вы путаете класс приложения с классом окна, который необходимо закрыть перед вызовом NativeApplication.nativeApplication.exit ()?
Я был бы рад помочь вам исследовать это дальше, если вы сможете уточнить вопрос.