Его "незаконно" в том смысле, что его не рекомендуется, а не в том смысле, что это нельзя сделать. Это не рекомендуется, потому что EJB-контейнер отвечает за запуск / остановку / активацию / пассивацию потоков. Если ваш бин запустил поток и позволил ему работать бесконечно, вы наверняка могли бы попасть в странные состояния. Однако, если ваш бин запустил поток (например, с помощью операции сбора пар) и не вернулся в контейнер, пока ваша операция пар не была завершена, то вы, вероятно, были бы в порядке.
Подробнее см. http://java.sun.com/blueprints/qanda/ejb_tier/restrictions.html#threads.