Извините за ответ на столь старый пост, но для исторических целей несколько комментариев в порядке.
Во-первых, базовый репозиторий кода (Mercurial) обрабатывает все файлы как двоичные, насколько это возможно. Все, что вы теряете здесь, - это способность видеть различия, физические различия все еще отслеживаются, и природа этих изменений не более велика в силу того факта, что черепаха не может их отобразить. (Двоичные файлы JPEG, напротив, имеют большие двоичные различия даже при небольших изменениях пикселей; тогда как эти файлы будут иметь относительно небольшие различия.)
Во-вторых, хотя Tortoise не может отобразить различия, kdiff3 может это сделать, если вы правильно настроили файл mercurial.ini. В вашем домашнем каталоге у вас, скорее всего, есть файл mercurial.ini, даже если вы просто записываете свое имя пользователя. Если вы расширите его, чтобы включить шаблоны слияния. Ищите здесь шаблоны слияния: http://www.selenic.com/mercurial/hgrc.5.html.
Там вы увидите, как сообщить Mercurial, что различия в этих файлах должны отображаться с помощью kdiff3, даже если Mercurial считает, что они являются двоичными. Черепаха по-прежнему не будет отображать различия в рабочей среде, но вы можете щелкнуть правой кнопкой мыши по файлу и показать различия родительскому элементу, и вы увидите различия просто отлично. Это не идеально, но лучше, чем ничего.