Я думаю, это зависит от того, что ваше приложение делает с ними.
Если вы помещаете файлы .resx в папку App_LocalResources на своем веб-сайте, они будут скомпилированы как раз вовремя, как только вы это сделаете. Так что в этом случае вам не придется ничего перекомпилировать.