Есть много причин, почему это могло произойти. Пару лет назад я произвел это на производственном веб-проекте, и потребовался звонок в Microsoft, чтобы это исправить. Я хотел бы дать вам конкретные детали, но это то, что я помню.
.NET кэширует папки в вашем веб-приложении. На сервере есть раздел реестра (не помню где), который устанавливает ограничение на количество папок (хотите верьте, хотите нет). По умолчанию было установлено ограничение в 150 папок. Если в вашем веб-приложении было больше, чем столько папок, и вы пытались получить доступ к 151-й папке, это привело бы к сбою IIS.
Да, это звучит безумно, но поверьте мне, я провел несколько недель с Microsoft, пока мы не выяснили причину сбоя. Ответом на тот момент было увеличение лимита в реестре и перезагрузка сервера. Это было пару лет назад, и я надеюсь, что это было исправлено в последующих обновлениях, но я предлагаю это вам на случай, если вы используете более старую версию Server 2003.
Извините, я не могу предоставить более подробные сведения, но я просто хочу рассказать вам о моем опыте на тот случай, если это звучит как ваша проблема.