Ошибка происходит от SQLserver, есть как минимум 2 таблицы со столбцом Структура.SQLserver не знает, какой выбрать.Я предполагаю, что что-то изменилось в том, как NHibernate интерпретирует ваш запрос, и теперь отправляет все sql одновременно.Загляните в логи или ваш профилировщик, чтобы увидеть, что за sql вы отправляете на SQLserver.Затем вы можете добавить правильный псевдоним перед структурой.