Комментарий от yeapnope Разработчик:
Лучше в конце страницы, прямо перед закрытием </body>.
Я думаю, что лучше загрузить их на нижней странице.
Modernizer и Yepnope сначала должны быть загружены на страницу для загрузки других скриптов. Поэтому, когда вы добавляете <script src="modernizer.js">, вы блокируете время рендеринга в браузере. Это происходит потому, что браузер останавливает весь рендеринг во время загрузки, компиляции и выполнения скрипта.
Как yahoo и google говорят, что сценарии отложенной загрузки всегда хороши.