Я не думаю, что это задача для Hyperjaxb, поскольку HJ - это, прежде всего, инструмент времени компиляции.Только очень ограниченное влияние времени выполнения.
Можно ли было бы сделать глубокую копию структуры объекта, а затем удалить то, что вы не хотите маршалировать?Вы можете использовать что-то вроде копируемый плагин , чтобы генерировать хорошие методы копирования / клонирования или даже использовать собственную стратегию копирования.