Я использую библиотеку adodb php (http://phplens.com/adodb/) для подключения к SQL Server 2005, можно ли использовать Common Table Expressions в методе execute?
Пока SQL проходит без изменений (что, я полагаю, происходит), вы сможете использовать CTE, да.
Простой тест может выглядеть примерно так:
WITH cte AS ( SELECT * FROM mytable ) SELECT * FROM cte;