Звучит как работа для AVFoundation. Я не могу рассказать вам подробности, но открытие видеофайла в AVURLAsset должно дать вам доступ к tracks. Определите дорожки, для которых mediaType равно AVMediaTypeAudio.
Не уверен насчет выходной части, но я бы попытался создать объект AVMutableComposition, в который я бы добавил дорожки, которые вы хотите экспортировать. Затем используйте AVAssetExportSession или AVAssetWriter, чтобы записать результат в новый файл.