Ваш второй пример выглядит правильно, поэтому вы должны проверить регистр каталогов.Лично мне нравится следующий метод, который будет работать в любом из ваших файлов:
<script type="text/javascript" src="/JavaScript/Common.js"></script>
/
в начале строки указывает корень, который выглядит так, как вы хотите.
Редактировать
Из вашего обновления выглядит, как вы хотите
<script type="text/javascript" src="/MyProject/JavaScript/Common.js"></script>
.
Корень (/
) указывает косую черту вправо после порта.