Итак, предположим, что ваш #table действительно является элементом таблицы, вам не следует помещать DIv между элементами table и tr / thead / tbody, ваше добавление должно быть внутренним элементом таблицы, например:
$('#Table').append('<tr><td><div id="newDiv">bla bla bla </div></td></tr>');
Это должно сработать, и вы сможете выбрать свой идентификатор.