Как вы можете получить содержимое текстового файла, сохранив, есть ли у него символ новой строки в конце файла? Используя эту технику, невозможно определить, заканчивается ли файл новой строкой:
BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(fromFile));
StringBuilder contents = new StringBuilder();
String line = null;
while ((line=reader.readLine()) != null) {
contents.append(line);
contents.append("\n");
}