Вы можете вставить команду, которую использовали для установки службы, т.е. prunsrv // IS // YourService ...
У меня тоже были некоторые проблемы с этим.
Я создал другой потоки когда я запускаю службу, поток запускается, и когда я останавливаю службу, я устанавливаю флаг прерывания, и поток останавливается, это работает хорошо.
Существует проблема с этим - если у вас есть некоторые задачи, которые необходимобежать т.е. убирать - их нельзя называть.Все еще борюсь с этим битом - но я могу остановить службу без проблем.