Запуск по HTTP
В настоящее время установки ClickOnce будут запускаться, только если URL-адрес для манифеста развертывания открыт с помощью Internet Explorer.Развертывание, URL-адрес которого запускается из другого приложения, такого как Microsoft Office Outlook, будет успешно запущено, только если Internet Explorer установлен в качестве веб-браузера по умолчанию.
Ссылка: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms228998.aspx
Проблема: Вы можете передавать информацию в строке запроса только тогда, когда ваше приложение запускается с использованием HTTP, а не с помощью общей папки или локальной файловой системы.(Chrome и Firefox загрузят ваш файл приложения.)
Ссылка: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms172242.aspx
Запуск по пользовательскому протоколу
Работает только тогда, когда ваше приложениеустановлена, иначе ваша пользовательская ссылка не работает.
Некоторые обходные пути, но не очень надежные: Как проверить, поддерживается ли пользовательский протокол
(И, возможно, некоторые проблемы с безопасностью сВаш пользовательский протокол из-за настроек безопасности ClickOnce с Location и т. д.)
Запуск через другое приложение
Вы можете запустить приложение ClickOnce с аргументами через другое приложение.
Я бы использовал пользовательскую настройку, а затем просто установил ваше приложение с пользовательскими аргументами или запустил ваше приложение с пользовательскими аргументами при установке.