В большинстве проектов Eclipse вы можете изменить в мастере, где будет создан новый проект. Таким образом, вместо создания нового проекта в рабочей области, вы можете создать проект, используя расположение существующей папки, в вашем случае корневой папки вне вашего Java-проекта. Возможно, вам придется перенастроить проект для работы (повторная настройка пути к классам или аналогичный тип конфигурации).
Вы можете попробовать с новым проектом Java: Файл -> Создать -> Проект Java -> изменить расположение по умолчанию для папки, содержащей код Java без файла ".project" -> Готово.
Имейте в виду, что даже если это базовая функция большинства мастеров новых проектов Eclipse, она присутствует не во всех мастерах новых проектов (например, я не знаю, предоставляет ли плагин python эту опцию).
Стефан Бегодо