Хорошо, это простая ошибка, которую многие люди допускают, когда впервые пробуют веб-разработку. Иногда трудно понять, как именно JavaScript и PHP взаимодействуют. Итак, вы запускаете скрипт php на сервере, который генерирует HTML и JavaScript, которые затем отправляются в веб-браузер. После загрузки HTML и JavaScript в веб-браузер JavaScript не имеет доступа к функциям PHP.
Таким образом, вам придется либо установить данные cookie, заставив кнопку вызывать скрипт PHP на сервере, либо выполнив запрос AJAX.
Поначалу AJAX может быть немного сложным, но взгляните на реализацию JQuery по адресу: http://api.jquery.com/jQuery.ajax/.
Надеюсь, это поможет.