Как сказано в ?install.packages, вы можете использовать аргумент INSTALL_opts= для передачи дополнительных параметров в R CMD INSTALL для установки исходного пакета. Если вы устанавливаете бинарный пакет из CRAN, он, вероятно, уже скомпилирован байтово.
Например, для установки из исходного кода и побайтной компиляции вручную (убедитесь, что у вас есть необходимые инструменты ):
install.packages("xts", type="source", INSTALL_opts="--byte-compile")