Я не хотел отвечать на свой вопрос, но ответ, как представляется, заключается в том, что это невозможно, и вы должны установить файлы.
Я не нашел способа использовать мои файлы, кроме как установить их в локальное хранилище сертификатов. Для этого был написан инструмент командной строки, который устанавливает их при запуске рабочей роли.
Если кто-нибудь докажет, что я не прав, я с радостью открою этот вопрос.