Используйте меню Поиск-> Файл и в поле «Содержащий текст» введите «System.out.println *», в поле «Шаблоны имен файлов» введите «* .java». Теперь нажмите кнопку «Заменить» в правом нижнем углу. Оставьте пустым поле «С» и нажмите кнопку «Предварительный просмотр». Снимите флажки с любых вхождений, которые вы хотите сохранить, и нажмите «ОК».
Вы можете убедиться, что ваш код находится под контролем версии, прежде чем пытаться это сделать, если вы делаете это неправильно и хотите вернуться.