::update
должен быть быстрее, потому что он обновляет только некоторые поля документа. ::save
сохранить весь документ и, вероятно, будет медленнее.
В общем случае лучше использовать ::update
там, где это возможно, поскольку при использовании ::save
возможны проблемы параллелизма Например, если два потока загрузили один и тот же документ, обновите его и затем попытайтесь сохранить. Допустим, первая ветка сохранила документ. Затем второй поток переписывает изменения первого потока, и вы теряете обновления первого потока. С атомарным обновлением вы никогда не застрянете в этой проблеме.