Прежде всего, да, это не очень хороший выбор дизайна.
Если вам нужно что-то общее между двумя приложениями, вы можете использовать несколько подходов, самое простое, что мне приходит в голову, это определитьв каждом приложении переменная в настройках приложения (внутри web.config), указывающая на папку или URL, содержащий общий материал и использующий его.
То же самое, если вам нужно использовать одну и ту же БД из нескольких приложений: простоиспользуйте одну и ту же строку подключения.
Если вам действительно по каким-то причинам необходимо совместная работа двух приложений, вам нужно создать одно приложение, и жизнеспособным решением может быть его разделение с использованием областей.