Хорошо, после прочтения документации я получил следующее:
NSArray *paths = NSSearchPathForDirectoriesInDomains (NSDocumentDirectory, NSUserDomainMask, YES);
NSString *documentsDirectory = [paths objectAtIndex:0];
NSString *file = [NSString stringWithFormat:@"%@/%@.txt", documentsDirectory, @"file_name"];
NSData *orgData = [NSData dataWithContentsOfFile:file];
//Because there is only one char on my last line I make a range from 0 to length of data - 1 byte.
NSRange range = {0, [orgData length]-1};
NSData* shortData = [[NSData dataWithContentsOfFile:file] subdataWithRange:range];
[shortData writeToFile:file atomically:YES];
Если вы знаете лучший способ, пожалуйста, дайте мне знать.