Если вы предпочитаете решение с графическим интерфейсом, я бы взял Portecle . Этот простой инструмент управления хранилищем ключей позволяет создать JKS, а затем импортировать сертификат и закрытый ключ.
Я не уверен, что вы можете импортировать сертификат и ключ из того же объединенного файла PEM, который у вас есть, но, возможно, команда «Импорт пары ключей» Portecle работает с таким файлом.
Если нет, вы можете просто разделить файл PEM сразу после строки -----END RSA PRIVATE KEY-----
на два файла PEM и импортировать их отдельно.
После импорта при сохранении JKS Portecle запросит у вас пароль.