Ваше правило кажется тьфу. Попробуйте это (немного другое) - у меня отлично работает:
<rule name="CanonicalHostName">
<match url="(.*)" />
<conditions>
<add input="{HTTP_HOST}" pattern="^www\.example\.com$" negate="true" />
</conditions>
<action type="Redirect" url="http://www.example.com/{R:1}" />
</rule>
1) Попробуйте переместить это правило наверх (сделайте это первым правилом).
2) Возможно (просто возможно) у вас нет привязки для example.com
, только для www.example.com
?