Это действительно зависит от того, насколько велик ваш проект. Если это всего лишь небольшой проект с несколькими служебными методами, то я обычно помещаю их в папку «Инфраструктура» внутри проекта MVC.
Первоначальная настройка, которую вы получаете для проекта MVC, является всего лишь руководством (за некоторыми исключениями), и вы можете добавлять папки и вставлять в них код, если хотите.
Если будет много вспомогательного кода, то отдельный проект может быть чище и проще в долгосрочной перспективе.