Самой большой проблемой, с которой вы столкнетесь, будут ограничения, связанные с памятью - так как вашему серверу не хватает памяти для сохранения каждого экземпляра таблицы базы данных / php в памяти, ваш сервер начнет перебивать диски - так же, как когда у вас мало памяти на вашем домашнем ПК, и диск начинает работать, когда используется виртуальная память.
Дайте ему много памяти, и все должно быть в порядке.
В WPMUDev есть отличные плагины для оптимизации и улучшения многоузловых установок, включая разбиение многосайтовых установок на отдельные базы данных для преодоления любых проблем с производительностью MySQL.