Вы можете проверить токен открытого ключа загруженной сборки по списку, который хранится в сборке контейнера.
http://blogs.msdn.com/b/miah/archive/2008/02/19/visual-studio-tip-get-public-key-token-for-a-stong-named-assembly.aspx
Или просто сохранить полные имена сборок, как это:
var assembly = typeof (string).Assembly;
var myAssemblies = new HashSet<string>
{
"mscorlib, Version=2.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089"
};
Assert.IsTrue(myAssemblies.Contains(assembly.FullName));
Также вы можете проверить, например, токены, используя GetPublicKeyToken и BitConverter
var assembly = typeof(string).Assembly;
var token = BitConverter.ToString(assembly.GetName().GetPublicKeyToken()).Replace("-","").ToLowerInvariant();
var expectedToken = "b77a5c561934e089";
Assert.AreEqual(expectedToken, token);