Комбинация Ctrl + `никогда не работала для меня (Linux и Windows: - /), поэтому я вставил следующее в привязки клавиш, специфичные для пользователя:
[
{ "keys": ["ctrl+#"], "command": "show_panel", "args": {"panel": "console", "toggle": true} }
]
Альтернативой было бы меню: Вид >>Показать консоль