Вы читаете строки дважды:
while(bufRead.readLine() != null) /// HERE
{
System.out.println("Count "+count+" : "+bufRead.readLine()); // AND HERE
count++;
}
но ты считаешь их только один раз. Итак, вы на самом деле читаете весь файл, но считаете только половину строк.
Измените его на:
String line;
while((line = bufRead.readLine()) != null) {
System.out.println("Count "+count+" : " + line);
count++;
}
и посмотри, что получится.