Попробуйте 1.9. При обновлении я просто добавил новый метод Initialize в Application_Start и удалил раздел конфигурации DbProviderFactories, и теперь у меня есть профилирование SQL с EF (даже 2 базы данных, одна с кодом сначала, а вторая с базой данных).
protected void Application_Start()
{
....other code
MiniProfilerEF.Initialize();
}