Будут ли у dapper проблемы с использованием двух объектов IDbConnection для распределения операций записи и чтения между MySQL Master / Slaves?
Нет, совсем нет.
Идентификационный кеш Dapper использует строку соединения как часть ключа. Это означает, что вы могли бы даже иметь свои таблицы «вне колонного порядка» как в ведущем, так и в ведомом устройствах, и dapper с этим справится.